Το μεταπτυχιακό πρόγραμμα στη Διοίκηση Επιχειρήσεων για Στελέχη (Executive MBA) του ΕΚΠΑ είναι αυτοχρηματοδοτούμενο και οι δαπάνες του καλύπτονται από τα τέλη φοίτησης των φοιτητών. Τα τέλη φοίτησης για το πρόγραμμα ανέρχονται σε 7.000 ευρώ (1.750 ευρώ ανά εξάμηνο για το πρόγραμμα πλήρους φοίτησης και 875 ευρώ ανά εξάμηνο για το πρόγραμμα μερικής φοίτησης). Η καταβολή του τέλους φοίτησης γίνεται στην αρχή κάθε ακαδημαϊκού έτους.